安全性一直集成在HP-UX中，HP-UX lli包括完全的“可信任”(trusted)模式。從HP-UXlliv2開始，安全特性得到很大擴充，增加了基于內核的入侵檢測、強隨機數生成、堆棧緩沖溢出保護（stack buffer overflow）、安全分區、基于角色的訪問控制(role-based access control)、訪問控制白名單，以及各種基于開放源代碼的安全工具。

HP-UX系統分區（虛擬化）技術包括了基于硬件分區、軟件分區、虛擬機和操作系統虛擬分區等各種技術。在Integrity系列服務器上，HP-UX虛擬機HP VM可以運行多種操作系統，包括HP-UX、Linux、Windows、OpenVMS，還可以以兼容方式直接運行HP9000二進制代碼。HP VM支持在線遷移，并且可在遷移中對VM中的內容進行加密。

HP-UX的版本也隨著時間的遷移，發生了不小的變化。在HP-UX 12.11版之前，惠普采用主版本號加小版本號的方式標示HP-UX版本，比如9版本中按照發布先后順序，有9.01、9.03、9.05等。從HP-UX 12.11開始，HP改用版本號lli加上v和代表版本號的數字來標示，其中字母i用于代表其具備互聯網功能，因此產生了HP-UX llivl、HP-UX lliv2、HP-UX lliv3等版本。當前版本為HP-UX lliv3，是在2012年3月更新的(HP-UX lliv3 update 10)。